Với yêu cầu công nghiệp hóa, hiện đại hóa nền nông nghiệp, TP Cần Thơ đặt ra mục tiêu xây dựng ngành thủy sản trở thành ngành sản xuất hàng hóa hiện đại, có khả năng cạnh tranh cao, phát triển hiệu quả, bền vững gắn với bảo vệ, tái tạo nguồn lợi thủy sản, đảm bảo vệ sinh môi trường. Để cụ thể hóa mục tiêu này đòi hỏi ngành nông nghiệp thành phố phải rà soát, điều chỉnh, bổ sung quy hoạch tổng thể phát triển thủy sản gắn với chọn lựa đối tượng nuôi phù hợp và quy hoạch hạ tầng vùng nuôi trồng, chế biến hợp lý. Từ đó, khai thác những tiềm năng, lợi thế phục vụ phát triển ngành nuôi trồng, chế biến, thủy sản đáp ứng tiêu thụ nội địa và xuất khẩu.